C#で書いたからといって他のエンジンに持って行きやすいかと言われればそうでもないし
GDScriptもPython派生言語だからそういう意味では潰しがきかないわけでもないし

だいたい、どんな言語でも構造化なりオブジェクト指向なり関数型なり、
ちゃんとプログラミングという考え方自体を身につければ他の言語でもある程度使える

ただし、一番使ってて楽しくまたは楽に使える言語を使った方がプログラミングは身につくと思う