バージョンは3.24です...

unityエディタ上でシーンの名前をクリックして変更→これでもやはり警告が出る...
もう「正しい方法で変更されてるけど何故か警告が出る」と言う風に解釈しようと思います...
フォルダを確認してもシーン名もメタデータもちゃんと変更が反映されてるので...