おっしゃる通りキャラAからキャラBにタッチした時にB側の_on_area_enteredが実行されて再度キャラAに操作権が渡る可能性があるため(物理サーバーがシグナルを発火させる順番に依存するため100%ではない)
「アクティブ側だけが切替処理を実行」「同じ物理フレームでの多重切替を禁止」の処理を盛り込む必要ありです

流石です