わたす、その漫画見てないけど普通は警察庁警備局の責任でしょう。
どんな理由は不明ですが国内犯罪は警察の仕事です。
自衛隊士官は全て警部です、逮捕権は有りますが捜査権は無いので。
内閣総理大臣が防衛警備命令を出せば全ては自由だと思います。
精々、自衛官（士）に逮捕を命令する程度でしょう。（自動小銃に銃剣程度）
なお。逮捕の手段の為に１５５ｍｍ榴弾砲を使うのは現場の判断だと思います。
爆装したＦ４（ハルマゲドンモード）を使っても問題ないと思います。