作戦では

・索敵はミッドウェー付近の広範囲を行い、警戒を厳にする。
・ミッドウェー島攻撃の間、母艦搭載機の半数は敵艦隊の出現に備えて艦上待機を行う。

とある以上雷装解除するにはそれに値するだけの何かがないといけない
（例えば基地機が多数配備されていて脅威と判断したとか第一次攻撃隊が返り討ちにあって基地にダメージが与えられていないとかね）
と考えるがそれに足るべき事象って特にないのでは？と思うのですよ
0415時点ではまだ１０機の空襲を受けただけだし、再攻撃の要アリという報告も当然そうなると容易に予想できる範囲
（輸送船団が発見されている以上敵機はすでに飛び立ってると予想される）
イースタン島とサンド島という２つの大きな攻撃目標のうちサンド島の爆撃は既に効果甚大という報告を受けている
であれば、命令通り空母を警戒しつつ（雷装そのままで）再度基地を攻撃してイースタン島を叩けばそれで良いだろう
なのになぜ空母の警戒を打ち切って（雷装解除）まで基地攻撃に転用したの？という疑問が常に残る。
長官殿の説明では私のこの疑問は解消されなかった。ゆえに私の南雲氏への評価は「判断におかしいところがあった」で変わらなかった
もちろんどんな指揮官でもおかしい判断なんてあるものでそれをもって無能なんて言うつもりはありませんが。

＞滑走路上に居なかったのだから、配備機数の見込みは関係ありませんよね。

それは基地に敵機はいなかったから関係なかったという結果論ですよ。
あなたの主張は南雲氏は結果論で不当な評価をされているなのではないの？
ミッドウェーを攻撃する以上敵機数の見込みはないといけないだろう
そして３６機というのは元々作戦上想定した数字であって全く無根拠のものではない
３６機という具体的な数字があるにもかかわらず「この後、敵機がどれくらいやってくるのかは誰も予想できません。」
と考えた長官殿も行間から読み取ってるわけですよ。行間を読まずに判断するなら残りは26機です。
長官殿も基地機は３６機とは限らないと南雲氏は判断していると行間から判断してるのです。