おそらく機体案が2つあるという意味じゃないよ

1つの機体案で日英協力と関係無い部分と日英協力をする可能性がある部分の2つがあり
「その1」というのが日英協力と関係がない部分の設計で「その2」という部分が日英協力をするかもしれない部分
2つ平行で構想設計したという意味じゃないでしょ
構想設計は機体デザインだけをやるわけじゃないから
サブシステムの部分もどうするかということも当然ある

方針通り日英協力があるかもしれないサブシステム部分が「その2」ということでしょう
これは防衛白書でもサブシステムの部分を共同分析してると明記されている