解決できそうな手法の一つとして

1. ソフトボディやクロスシミュが有効なオブジェクトをリンク複製(Alt+D)、新しい側のシミュは無効化しておく
2. shiftを押しながらの複製元、複製先の順に選択し、シミュが無効化されている側がアクティブな状態にする
3. オブジェクトデータプロパティ＞シェイプキーにある「ｖ」から、「シェイプとして統合(Join as Shapes)」を実行

これで、現在のフレームのシミュ結果が、どちらのオブジェクトにもシェイプキーとして保存されます