shaderや3D系のソフトは明示的にアルファブレンドを指定しない限り
アルファブレンドしないから、あってもほぼほぼ無視される
そもそも3D関係では色の合成は四則演算だからR*RやR+Rはやってくれても
R*A+R*Aを自動計算はしてくれない

使わないアルファチャンネルは0か255の塗りつぶしだし同じ値の配列は
圧縮掛かりやすいからチャンネル1つ増えた所で25％増える訳じゃない
そもそもサイズ気にするならJPGでよくね？