■FBX
SDKに依存する。
ややこしい。

■COLLADA
XMLでデータ自体は扱いやすい。
モデリングツールを意識したデータ構造で、扱いがクッソややこしい。

■Xファイル
拡張性を意識した構造になっているが、狙い通り機能しているかは微妙。
基本的なスキニングまでなら、これが一番使い易いと思う

※個人の感想です。