>>577
もしかしてマテリアル、テクスチャーとかアセットの種類ごとにわけてるせいじゃないの？
アセットの種類ごとにフォルダをわけるととっ散らかりやすい。例えば悪い例として

asset/scenes/scene1.unity
asset/scenes/scene2.unity
asset/textures/texturea.png
asset/textures/another.tex
asset/sounds/sound1.smp
asset/sounds/sound2.wav

こういう構成はプロジェクトが大きくなるといずれ管理不能におちいる
そこで、こんな構成にすると、とっ散らかりにくい

asset/scenes/house/house.unity
asset/scenes/house/texture.tex
asset/scenes/common/tree.unity
asset/scenes/common/tree.tex
asset/player/player.cs
asset/player/player.tex
asset/npc/npc.cs
asset/npc/npc.tex

ゲームの部品ごとに名前を付けてフォルダをわけるという方法でやると、
プロジェクトが大きくなっても管理しやすい