特定のユニットのみの色変えなら「プレイヤー」の「詳細情報」から
モーションとキャラチップの色を変えられるよ、
公式の講座を見る限りキャラチップは通常なら192 x 320だけど
違う色の192 x 320で作られたキャラチップをくっつけて384×640の画像を用意する
そしたらさっきの「詳細情報」でキャラチップの参照位置を隣の別カラーのキャラチップに設定すれば完了

モーションは「ロード男」「ロード男-a」「ロード男-b」「ロード男-ｃ」って画像が元々プロジェクト内にあって
これの内「ｃ」は特に設定されない限り使われない画像で
「詳細情報」の「モーションの色」ってとこで「ｃ」の画像が「１」と表示されてるので
それを選ぶとそのユニットは「ｃ」の色で戦闘を行う
増やす場合はただ「ロード男-ｄ」「ロード男-e」と連番を増やせばOK

もし間違ってたら申し訳ない。