497行目のthis.drawText(item.name, x + textMargin, y, itemWidth);を
this.drawText(item.name, x + textMargin, y, itemWidth, "center");に変えれば
全てのアイテム/スキルが中央揃えになる（アイコン位置やコスト表示等の都合もあるからこれだけだと微妙な気もするけど）

スキルに限定するなら適当なプラグインファイルを作って中身を
Window_SkillList.prototype.drawItemName = function(item, x, y, width) {
if (item) {
const iconY = y + (this.lineHeight() - ImageManager.iconHeight) / 2;
const textMargin = ImageManager.iconWidth + 4;
const itemWidth = Math.max(0, width - textMargin);
this.resetTextColor();
this.drawIcon(item.iconIndex, x, iconY);
this.drawText(item.name, x + textMargin, y, itemWidth, "center");
}
};
とか処理内容を丸々上書きすれば良い