Scene_Baseにjsonを読み込み直す処理はないと思う
何のデータが初期化されるかわからんけど、多分Scene_Mapを通過する遷移でしょ
DataManagerのload～メソッドや$が付いてるグローバル変数をいじってる処理を見つけて、
そこを回避するように上書きすれば良いんじゃね