そもそも諫早−長崎間はその一つ前の新幹線鉄道規格新線も建設しない区間だった
だから、あとで諫早−長崎間フリゲによる建設追加をしても、2007年3者合意があるため、経営分離することができなかった
JR・長崎側の言い分としては「普通列車利用者数が多いから」なんだけど、それなら鳥栖−武雄温泉間も同様なわけで、根拠に欠ける