まずは単純だけど遅いバージョンから

// ファイルをハッシュ値でグループ化する
// 全ファイルを読み込んでハッシュ値を計算するので遅いです
var hashGroupQuery = from filehash in
　　　　　　　　　　　　 (from filename in files
　　　　　　　　　　　　　let hash = GetMD5String(filename)
　　　　　　　　　　　　　select new { Filename = filename, Hash = hash })
　　　　　　　　　　 group filehash by filehash.Hash into hashGroup
　　　　　　　　　　 where hashGroup.Count() >= 2
　　　　　　　　　　 select hashGroup;

foreach (var hashGroup in hashGroupQuery)
{
　　Console.WriteLine("Hash: {0}, Count: {1}", hashGroup.Key, hashGroup.Count());

　　foreach (var filehash in hashGroup)
　　{
　　　　Console.WriteLine("\t{0}", filehash.Filename);
　　}
}