多分大丈夫だとは思いますが、一応念の為に。

MITライセンスのライブラリを使用したいのですが、配布されてるバイナリは環境に合わない（C#ですが、.net frameworkの4でコンパイルされてる）モノだったので、手元でソースを再コンパイルする必要がありました。
もちろんソース自体は一行一句変えていませんが、これを利用したアプリも通常のMITライセンス（使用している事の明記とMITライセンスへのリンクの表示）で利用・再配布できると考えてよろしいでしょうか？
ちなみにモノは http://commandline.codeplex.com/ です。