私も似たようなことで悩んでいるが

ffmpeg(コンパイルオプションでLGPL2.1+)
　↓　dynamic link
FFmpegInterop library for Windows MS製(Apache2.0)
　↓　dynamic link
自分のプログラム

なんだが、MSだけに無謀なことやっていないだろうからApacheライセンスとして扱って良いんですかね？