おｋわかった。
一応、お手本となるサンプルをいくつか動かしながら作ってる。
http://www.javacodegeeks.com/2012/02/mybatis-3-spring-integration-tutorial.html
このへんとか。

SpringMVCのコントローラでリクエスト受けてから、
Serviceのinterfaceクラス->implクラス->Mapperクラス->MapperのXMLで定義されるSQL実行
って感じで最後はコントローラのコレクションでSQL実行結果を受け取り、
加工してブラウザに返す形。
トランザクションに関する部分は、ServiceImplの更新系メソッドに
@Transactional(rollbackFor = ******.class)
ってやるだけみたいなんで、これだけでいいのかと不安になってた。