【呼び出し元】
Option Explicit
Dim WSHObj
Dim Args
Set WSHobj = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Args = "cscript ""C:\Program Files\PPX\script\WSHPopUP.vbs""" _
& " ""出力メッセージ""" _
& " 0" _
& " ""VBS名称""" _
& " " & vbYesNo
Dim hoge '受け取り用に追加
hoge = WSHObj.Run(Args,0,true) 'この変数hogeにvbYes=6かvbNo=7が入る。
'何か処理を書く
Set WSHobj = Nothing

【WSHPopUP.vbs】
Option Explicit
Dim Arg
Dim WSHObj
Set WSHobj = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Set Arg = WScript.Arguments
Dim fuga '戻り値用に追加
fuga = WSHObj.Popup Arg(0),Arg(1),Arg(2),Arg(3) 'popupの戻り値を取得
WSHObj.Quit fuga '呼び出し元に終了コードとして返す
Set WSHobj = Nothing