バージョンアップ時の設計について質問

今回バージョン1.0.0のアプリをバージョン1..0.1にしようとしています。
その時に1.0.0ではなかったソフトを1.0.1では導入しようと思っています

　・1.0.0：アプリAのみ
　・1.0.1：アプリA＋別アプリB＋テキストファイル

　※ファイル通信を行っていたものがもともとアプリA
　　バージョンアップでアプリAからファイル通信機能を無くし
　　別アプリBにファイル通信機能を持たすことになっています

バージョンアップするときはアプリAの上書＋アプリBの導入で良いのですが、
バージョンダウンする時アプリBとテキストファイルが1.0.0では不必要なので削除しないといけないです。

このようなとき、ファイルを削除するのであればバージョンを判断して削除したり削除しなかったりを
決める以外に判断材料はないでしょうか？
バージョンで判断して削除するような設計しようとしていたのですがバージョン自体はアプリAに埋め込まれているため
インストールをしたアプリのバージョン取得をできません
また、次回起動時に削除してしまえばいいのかと思っていたのですが、バージョンが古いアプリAだと別アプリBの存在を知らないため削除できません

インストール時に何かしら判断する方法をアドバイスほしいです
テキストファイルにはアプリBの処理の分岐処理に使うようなキーを書く予定で
これを上手く使えないかなと考えています