javaはコマンドからしか使わないから
jarをダブルクリックしたらzip解凍してほしいと考える特殊なユーザーだっている(俺のことな)
なので俺は関連付けでそうなるようにしてる
拡張子は「使う側がどうしたいか？」それだけなんだよ

monoユーザーは大部分の人がexeでいいと納得してる
でもお前みたいなexeは嫌だと考える人が居てもいいんだ
嫌なら関連付けの設定を変えるだけでいい
それは誰も禁止なんてしてない