>>335
いいえ、違います。
オートエンコーダを使って何をするのかにもよりますけど、
結局のところ次元圧縮を「適切に」やりたいわけです。

基本的には中間層から取り出した「圧縮」されたデータを
分析に利用するわけですから、
その分析として実現したいことによって、
「適切な意味が残存している」データを中間層から
取り出したいわけです。
よって適切な層の数はやりたいことによって変わります。

ただ、オートエンコーダの応用はいろいろ発展中ですので、
どういうことをやっているのか具体体に書いていただければ
よりよいアドバイスができると思います。