ところがwindowが重なったりした後に前に出すと新しい画面に書き換わったりしてる

これはwindowsがアプリのwindowの画像が無効になったので再描画しなさいと命令を出してるため
元から表示されてる画像は表示されていただけでアプリ内で保存されていない
それで新しい画像を表示するしかなくなる