>>79
portsはソースコードからmakeしたあとにシステムに登録されるから
コンパイルする際にソースコードレベルで自分用にカスタマイズすることもできる。
ただし、コンパイルはモノとマシンのスペックにもよるが時間がかかることが
多い。

http://www.freebsdfoundation.org/downloads/java.shtml
においてあるのはパッケージだから、↑のコンパイルの工程がないため
インストールにかかる時間が節約できる。ただしこのとき出来るカスタマイズ
としてはパッケージ中のどのコンポーネントをインストールするか、程度。

自分の好きなほうに合わせて好きなほうを選べばいいと思ういます。
ただ、portsではないほかのサイトから取ってきたパッケージだと
jdkが依存するプログラムのバージョン不整合で警告がでることがあります。

大抵そのまま使えるけど、これが気持ち悪いという人は素直にportsから
コンパイルしましょう。以上。