もしかして今時
 (原稿)
  ↓ TeX
  DVI
  ↓ dvips
PostScript
  ↓ Acrobat Distiller
  PDF
っていう方式で論文書いてんの?
研究室の規則とかならともかく(ていうかそんな規則あったとして糞だと思うが)
個人でやってたりするならLuaTeX系使って
 (原稿)
  ↓ LuaTeX
  PDF
のほうがいいんじゃないかな……。