あらかじめ任意の region を選択しておいて、M-| (M-x shell-command-on-region) を使うと、コマンドの標準入力に渡せることを初めて知りました。
この実行結果を取り出すにはどうすればいいでしょうか？

M-| とタイプし、ミニバッファにコマンドをタイプして実行すると、実行結果がミニバッファに出力されますが、
Ctrl-o などを押してもそのミニバッファが消えてしまいます。

やりたいことは、この実行結果がクリップボードなどに入っているとうれしいのですが・・・・

C-u M-| を実行すると、選択した region がコマンドの実行結果で置き換わりますが、まちがったコマンドを実行してしまうと、
元のregion が消えてしまうため、再実行するときに undo などする必要があり、不便です。