富士シリーズ
富士壱號・富士弐號は自衛隊、FJ-IIIは地球防衛軍の戦艦。なお、これらの軍事組織の作中での区分は曖昧であり、この他にも「防衛連合軍」という呼称がなされた事もある。
いずれも相当な戦闘力を持つが、クトゥルフの前にはひとたまりもない。
ちなみに地球防衛軍はこの他にも色々な各種兵器を有しているが、その大半が往年の日本特撮映画へのオマージュである。
代表的な艦長は、極東基地の黒川大佐（声 - 内海賢二）。

富士壱號（ふじいちごう）
型式番号「G-0TEN86」。富士の樹海の地下に位置する自衛隊の秘密基地「富士基地」で開発された首都防衛用空中戦艦第1号機。
「戦艦」といっても大型の航空機程の大きさであり、富士基地の地下に格納されたカタパルトから発進する。
主機は富士山麓から吉祥寺まで約10分で到達可能なほどの推力を持つハイドロジェネレイトエンジンで、武装として艦首ドリル、艦橋前のメーサー砲、ミサイルランチャーなどを装備している。
吉祥寺でディロスθと交戦するもあえなく撃沈。その後、再設計された「スーパー富士」数隻が要塞ノヴァ攻撃に投入されるが、これも瞬殺されている。

富士弐號（ふじにごう）
形式番号「M-IJACK11」。自衛隊が富士壱號の反省を元に新たに建造した首都防衛用空中戦艦第2号機。発進時には富士の樹海を割って垂直離陸する。
富士壱號を遥かに上回る巨体を持ち、武装として富士壱號と同様の艦首ドリルや冷線砲を装備するほか、富士壱號と同規模の能力を持つ艦載機を多数搭載している。
要塞ノヴァ攻撃に自衛隊の切り札として投入されたが、同時に投入されたスーパー富士や熱線砲と共に殲滅された。

FJ-III（エフジェイスリー）
地球防衛軍が保有する宇宙戦艦で、正確には富士シリーズではない。詳細なスペックは不明だが、武装として粒子砲三門を装備している。
月の裏側の「クトゥルフの月」を攻撃すべく軌道上の宇宙ステーションから出撃するが、地球へ向かうビック・ゴールドによって、その戦闘力を発揮しないままステーションともども撃沈された。