UIがめちゃくちゃになった事はありますが、
位置を覚えてくれないはまだないですね。
Windows版しかわからないんですけど
C:\Users\ユーザー名\Documents\Paintstorm Studio
が設定フォルダなので、そこを削除するとPaintstormStudioが初期設定に戻ります。
その作業で、問題が解決した事が何回かあります。
しかし、それでは設定がすべて消えてしまいますから、
ブラシ、カラーライブラリ、UI、キーボードショートカットキーをエクスポート。
C:\Users\ユーザー名\Documents\Paintstorm Studio
を削除する前にバックアップ。
初期設定で問題が解決していたら、各種設定をインポート。