うーん、現状普通にアニメ作る時はクリスタとAfterEffect、場合によってはPhotoshop使ってるので
PhotoshpとAfterEffectの連携で作るのは学習コストがかなり低いんだよね
てか一般的にそうだよね

そこにあえて今から学習コストかけてまで新しいソフトを覚える気にはならないかも、
ピクセルアニメーションに特化した優秀な機能がないならね。

ピクセルを扱うことをソフトウェアが積極的にサポートしてる例で言うと
（ゲーム制作になるけど）こういうのとか
https://blogs.unity3d.com/jp/2019/03/13/2d-pixel-perfect-how-to-set-up-your-unity-project-for-retro-8-bits-games/

そこまでケアされてるなら使う価値があるかなとおもいます