追記
　まともに開ける別のSAI2ファイルを開いた後は、問題のファイルを開くことができました。
　問題の起こるSAI2ファイルをダブルクリックで開くか、直接起動したSAI2でD&Dで開こうとすると
１回目はエラーウィンドウが出てファイル自体開かれませんでした。
　エラーウィンドウを閉じて、同じ問題のあるファイルをD&Dで開こうとすると、
SAI2の右下に小さなエラーメッセージが２〜３つほど出て（このエラーメッセージはすぐに消えてしまう）
問題のファイルを開くことはできるのですが､ペン入れレイヤーがほぼ消えているようです。
　直接起動したSAI2からメニューのファイル→キャンバスを開くから選ぶと問題なく開けます。

ん〜、問題のあるファイルを送らないといけないでしょうか？