早速の対応ありがとうございます。
SAI2ファイルでペン入れレイヤーの編集ができるようになっています。

ただ、問題のあるファイルをダブルクリックで開く時に、高い確率でエラーダイアログが出ます。
その時のエラーログが下記にあります。
（まれに正常に起動できます。）
裏で実行されている何らかのプログラムとの相性かもしれませんが…。
直接SAI2をダブルクリックして起動し、メニューからキャンバスを選べば
とりあえず、問題のあるファイルも正常に読み込めるので、そちらで読み込んで編集してます。

!Exception(C0000005): Flags=10 Addr=7FFB8A77E4D6 #0=0 #1=FFFFFFFFFFFFFFFF
$rax=1A8 rcx=3FE0000000000000 rdx=D2 rbx=1400A44E8 rsp=B46E490 rbp=B46E680 rsi=0 rdi=B46FAD8 r08=CC r09=0 r10=CCCCCCCD r11=7FFB8A8DA3F0 r12=0 r13=72B4880 r14=B46E540 r15=B46E520 rip=7FFB8A77E4D6 eflags=10202
@thid=40FC,cnt=F:#1+1E4D6,#0+1AC803,#0+1AC99B,#0+2560A2,#0+20702D,#1+A11FF,#1+6A289,#1+9FE6E,#0+A44E8,#0+BD423,#0+BDA41,#0+BE64B,#0+BF837,#0+1ADF77,#0+1AE6CF
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-2020-01-07 16:28:48.679
!Exception(C0000005): Flags=0 Addr=1400BF733 #0=0 #1=FFFFFFFFFFFFFFFF
$rax=0 rcx=FFFFFFFF rdx=2925700 rbx=407666663F7E2BDB rsp=75BF980 rbp=75BFA40 rsi=3F7E2BDB rdi=877BA00 r08=100 r09=2925700 r10=97 r11=2920000 r12=2 r13=559B000 r14=75BFBA0 r15=140000000 rip=1400BF733 eflags=10206
@thid=1A9C,cnt=C:#0+BF733,#0+BFA05,#0+BFB7A,#0+D4427,#0+5C24B,#0+13D322,#0+13DDF2,#0+1B56,#0+1E9E,#0+1F2A,#0+20CA,#0+1AE6CF
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