【SAI ver.】 Ver.2 (64bit) Preview.2020.01.07b
【CPU】 Core i7 2600
【メモリ】 32GB
【OS】 Windows 10 Home 64bit (1909)
【補足】 旧SAI2(2019-08-12)からの設定を取り込んだ状態です。

【再現手順（分かるなら）】
①ペン入れレイヤーの「線変更ツール」でストロークの線種を変更すると、現在のブラシ設定にかかわらず、透明な線になってしまうようです。
「線変更ツール」のまま、透明になった線を右クリックしてストローク情報を取得すると、
・ブラシサイズ　0.0
・濃度　0
の線になっているようでした。

②作成直後のペン入れツールは、「ブラシの輪郭のボケ足」の設定が、何も選択されてない状態になっているようでした。