ダウンロードタスクが稼働中のウェブブラウザではOSの終了命令にも待ったを掛けるし、
クリスタも自分のデータ更新が終わるまでアプリレベルでもうちょっと自衛して欲しいとは思うな。
サブツール詳細ウィンドウで”全てのツール内の全てのサブツールにコピー”を実行したり
素材を整理したりした後は、アプリ終了後もタスクマネージャのプロセス一覧で
ちゃんと終了を確認するのがより安全かと。