描画レイヤーにあるブラシ描画跡の形状そのままでくり抜きたいならさほど手間ではないけど、
ブラシ描画跡を境界にしてはみ出ないように消しゴムブラシで削り進めたいというのなら、
ちょっとややこしくなるかなぁ。
AffinityPhotoやKritaなどのレイヤー重ね合わせモード:消去 がクリスタにもあれば、今回のような場合も楽なんだけど。