レコードに更新日時が入っていれば、最近のものだけselectすれば、まあ出来るんじゃないか
それはバックアップなのか？という話にはなるけど

話がよく見えてないんだけど、SSD移行のための一回限りのバックアップの話？

定常的なバックアップの話なら、レプリケーションと定時にmysql_dump