とちゅうでエンター押しちゃった。失礼。

MySQLと互換性があるオプションもしくはMySQLで運用していたころからのオプションは[mysqld]に
MariaDBだけのオプションは[server]に書く。
もしくは、MySQLとは一生縁を切るつもりなら全部[server]に書く。
そのあたりは運用の考え方次第。