https://support.google.com/chrome/answer/6258784
これによると、
＞Chrome を終了する際、Flash の設定は保存されません。特定のサイトで Flash を許可するよう設定した場合は、
＞次回 Chrome を開いたときにもう一度設定する必要があります。
とあるので、もう無理なのかも。