よく挙げられるBWの不満点

■シナリオ
・「ポケモンの自由」というテーマに触れたというのに、シナリオで明確な答えを出さぬまま終わってしまう。
　肝心のポケモンがシナリオの中核になっていない。
・「色んな価値観の共存」という第二のテーマは、ゲーム中においてスタッフ側の押し付けがましさが目立つため説得性がない。
　作中で価値観のぶつかり合いがあっても主人公には全く選択性が用意されず、周囲の流れに縛り付けられている。
・明大祭で公開されたBWの設定資料によれば、シナリオの随所に存在する歯抜けな部分は意図的なものであるとのことだが、
　歯抜けな部分が多すぎてユーザーが想像をするには材料が足りない。
・事あるごとに幼馴染、博士、ジムリーダー、プラズマ団が主人公を誘導するため自由度が少なく一本道。これでは冒険というより、旅行。

■キャラクター
・シナリオに積極的に関わってくるにも関わらず、不合理な言動や矛盾が生じているキャラクターが多い。
・幼馴染の心理描写が説明不足。チェレンはなぜ強さにこだわるのか、自分を弱いという割りにジムバッジ全てゲットしたベル。
・Nがまるで主人公のような扱い。台詞は基本的に上から目線、共感できない、難しい言葉を多様、意味不明。
　プラズマ団の王でありポケモンリーグにNの城を出すよう命令した張本人であるにもかかわらず、なぜかNは悪くないことになる。
・プラズマ団は表向きポケモン解放を目的とした団体なのに、ムンナ虐待やポケモンをこき使ってNの城を建築するなど、
　プラズマ団の方がよっぽどポケモンに悪さをしているため、ただの電波集団になっている。
・七賢人、愛の女神、平和の女神、ダークトリニティなど、マイナーチェンジで掘り下げる前提としか思えない消化不良なキャラが多い。