みんなありがとう
ファイルへの書き込みが完了するまでループを一時停止する・・・と言う処理は可能でしょうか?
今はこんな感じです

  var ループ回数 = 10;
  for(var i=0 ; i > ループ回数; i++){
     var データ = 膨大なデータを生成する関数();
     fs.writeFile(ループ回数 + '.json', JSON.stringify(データ,'',' ') , function (err) {});
  }