具体的な例がわかんないんだけど、直行なら早いほうがいいのは当然だけど、
到着局の到着時刻次第じゃないの？

うちでもそれに近い事例があるよ。
指定便が早い便になってるんだけど、その便だと伝送便が確実に結束出来ないから後便にしたら？
と言ったけど、上が聞かないとかあるし。