本願寺は長島と桑名、堺を基点に廻船業と貿易で畿内の経済を牛耳る
延暦寺は滋賀郡に多くの山領をもち琵琶湖の水運と経済を握り京一帯では金貸し業で財を得る

信長にとっては経済的にも政治的にも敵対関係だからそりゃ潰しにかかるでしょ