一方、橋りょう流出で予讃線本山〜観音寺間が不通となっているJR四国では、7月11日から当面の間、同区間を通過する『しおかぜ』『いしづち』
などの特急のうち、岡山・高松〜多度津間と観音寺〜松山間のそれぞれで上下各7本が部分運休する。

また、普通列車は児島〜多度津間で8本、高松〜坂出間で2本、観音寺〜伊予西条間で12本を運休としている。

土砂流入により、高山本線の飛騨金山〜下呂間と飛騨古川〜猪谷間で運転を見合わせているJR東海では、同区間を通過する特急
『（ワイドビュー）ひだ』を7月11日以降全面運休としている。これらの区間では現地の詳細な情報すら掴んでいない状況で、復旧の見込みは
まったく立っていない。

JR九州では、運転を見合わせている肥薩線のうち、当初、代替輸送を行なっていなかった人吉〜吉松間で、7月11日から朝・夕方の上下
各1本でタクシーによる代替輸送を開始している。

JR貨物では、山陽本線、伯備線、予讃線の復旧見込みが立たないことから、倉敷〜新南陽・伯耆大山間、宇多津〜松山間で貨物列車の
運行を中止している。