別にクレカじゃなくたっていい
銀行口座作って事業専用で使うとか
口座名義は屋号でなく本名でも構わない
もしくは事業用のお金を財布分けて管理するとか

そうすれば事業主借ではなく普通預金や現金といった勘定科目を使える
それで税務署の見方が変わるとは思えないけどな