1936年設置の実戦部隊はほぼそのまま
鹿屋海軍航空隊　1936.4.1　外戦：陸攻
横浜海軍航空隊　1936.10.1　外戦：大艇（マル2）
鎮海海軍航空隊　1936.10.1　内戦：水偵
宇佐海軍航空隊　1936.10.1　実用機訓練部隊（第一線の航空母艦艦載機）
　鳳翔、千鳥型水雷艇改造飛行機救難船（可搬7.7mm機銃以外無武装）4隻
　　救助艇とクレーン、回収機体置き場、手術室、大型標識ブイ置き場で武装を設置するスペースなし

高雄海軍航空隊　1938.4.1　外戦：陸攻　第12・13航空隊と館山海軍航空隊の各陸攻隊をまとめて編成
元山海軍航空隊　1938.4.1　外戦：艦戦−陸・陸偵　第12・13航空隊の各艦戦−陸をまとめて編成
千歳海軍航空隊　1938.4.1　外戦：艦爆−陸　第12・13航空隊の各艦爆−陸をまとめて編成
呉海軍航空隊に輪番組（ローテーション用艦載航空隊が作られる（佐伯基地へ間借り）
岩国海軍航空隊　1938.11.1　宇佐海軍航空隊の任務を引き継ぐ
　龍驤、千鳥型水雷艇改造飛行機救難船2隻
　就役したばかりの蒼龍をシナ戦線へ派遣。サイズ違い？　もう軍縮条約から脱退しているし
宇佐海軍航空隊は練習機訓練部隊（着艦装備を付けた練習機）へ変更
　鳳翔、千鳥型水雷艇改造飛行機救難船2隻

松山海軍航空隊　1940.10.1　呉海軍航空隊の航空母艦艦載機隊（輪番組も含む）を分離
　完全1艦3隊保有
　赤城、加賀　各2隊の航空隊、2艦で2隊の予備航空隊（名目上1隊は龍驤航空隊）
　蒼龍、飛龍　各2隊の航空隊、2艦で2隊の予備航空隊（名目上1隊は鳳翔航空隊）
美幌海軍航空隊　1940.10.1　外戦：陸攻
館山海軍航空隊　1940.12.1　外戦：艦戦−陸、陸偵　肥大化した元山空を分離