>>666
>軍隊はそういう中間的存在の者をどう扱っていたのでしょうか?

昔は厳しいところは投獄、もっと厳しいところは死刑。

時代が下ると宗教がらみは「軍隊以外で国家に貢献してね」で話を終わらせている。エホバの証人に対する各国の反応とか。
兵隊になるけど人は殺さない、であれば映画ハクソー・リッジの元ネタになった名誉勲章受章者デズモンド・ドス伍長とか。

東ドイツは建設隊という軍監督下の組織に回された。そのあとの人生は日陰者扱いだったらしいが。
イスラエルは2003年に准将を含むパイロット27人が「民間人を爆撃するのは嫌だ、国を守るのはいいけど」といって撤回の説得に応じなかった訓練部隊の司令官が解任されてたな。

先のイスラエル軍のパイロットは灰色の拒否者という上官との相談の中で任務から外されるという処理法があると言ってるので、ごにょごにょな扱いもあるのだろう、多分。