大日本帝国時代、陸軍刑法と海軍刑法が別々にあったようですが、
陸軍と海軍とでは、やって良い事・悪い事及び刑罰に違いがあったのですか？
なぜ、別々にしたのですか？

同じであるならば別々にする必要はなく、
別々にするのであれば「なんで、あいつらは良くて、こっちは駄目なんだよ」と不公平感が生じそうです。