>>276で質問した再生でカクカクになるエンコソフトが分かりました。
2011年に購入した「MediaEspresso 6.5」でした。
駄目なmp4も、VLC Media Playerの「変換/保存」で修復可能です。
最近は aviutl(拡張QSV出力でmp4にエンコード) していて
これでエンコしたmp4はスムーズです。