うちではMX見られませんが、微妙なDrop（Drop数22）のBS11ファイルで同様の位置ずれありました。
（カット位置は正常でしたがchapter_exeのずれを確認）

AtiUtlの「その他」−「ファイルの情報」で
・L-SMASH Worksで作成時
　フレームレート:29.962fps(59985/2002)
・DGIndexで作成時
　フレームレート:29.970fps(30000/1001)

DGIndexで作成したら正常値になったので編集環境で改善するかもしれません。