TSファイルをCM自動カットからエンコードまでをさせてみようと以下の環境で試しています
join_logo_scp試行環境_2にjoin_logo_scp_306を適用 , AviSynth260 , L-SMASH_Works_r935 , AviUtil 1.00

元TSは番組開始の30秒程先行して録画してあります。
これでいくつかのTSファイルがこの先行分をCMとして認識してくれません。
TSファイルをMurdocCutterでGOP始まりになるようにカットしておくとCMとして認識してくれます。

元TSファイルをカットせずに上手く認識させるような設定はどこかにありますか？