そういう時は次善の策を考えるとして、、、MOVである必要はある？
もしMOV以外でも良いなら他の形式で済ましてみてはいかが？
wmvは大丈夫ならそれで、もしくはH264でエンコしてみるとか。

3日前出来ていて今出来ないなら、Winの復元してみるとか。
3日の間になにかソフトをインストールしてるとか。
EDIUSの再インストールとか。
もし8以前のEDIUSがあるなら、それをインストールしてエンコしてみるとか。